Projekt sanacije onesnaženih jam je potekal v letih 1997 in 1998. Zajemal je pregledovanje območja Sežansko – Komenskega Krasa ter popis onesnaženih jam, ki se nahajajo v drugem, tretjem in četrtem vodovarstvenem območju brestoviškega vodnega zajetja. Popisanih je bilo 20 onesnaženih jam, od tega se osem jam nahaja na Komenskem Krasu, ki spada v drugi in tretji vodovarstveni pas. Na območju Komenskega Krasa so bile pregledane jame: Komenska golobica, Štrkljevica pri Tomačevici, Preserska jama, Governova jama pri Komnu, Volčjegrajski bezen, Gabrovški bezen, Jelenca in Jama pri Velikem Dolu. Na območju Sežanskega Krasa pa so bile pregledane jame: Jama v Godnjah, Jama pri Danah, Sežansko brezno, Bukovnik, Jama na Brundlovem partu, Ravbarjeva jama, Tomažkova jama, Tončkova jama, Jama na Trebanjski gmajni, Jama v Sežanski smodnišnici, Ralčevka in jama Pri dveh jamah pri Štorjah. V teh jamah se nahajajo komunalni in industrijski odpadki ter mrhovina. Izbrane so bile tudi tri jame, v katerih je bila z odvzemom vzorcaizcedne vode in prsti določena stopnja onesnaženosti. Izbrane jame so bile Jama v Brundlovem partu pri Sežani, Jama pri Godnjah in Governova jama pri Komnu.

Analize zemljine je opravil Zavod za zdravstveno varstvo Koper. Te so pokazale zaskrbljujočo stopnjo onesnaženosti, posebno pri vsebnosti težkih kovin kot so živo srebro, kadmij, cink, svinec, baker in nikelj. V jamah so komunalni, kosovni in industrijski odpadki. Rezultati analiz zemljin in izcednih voda iz jam so dokazali, da so črna odlagališča v jamah pomemben vir onesnaževanja. Projekt je bil predstavljen s seznamom 20. onesnaženih jam in strukturo odpadkov v njih.